На сегодняшний день лечебные учреждения ФГБУЗ ЮОМЦ ФМБА России  расположены на территории 6 субъектов Российской Федерации: Ростовская область, Краснодарский край, Астраханская область, Республика Дагестан, Донецкая Народная Республика, Запорожская область. В составе Центра успешно функционируют 9 филиалов, в которых работают более 500 врачей (6 докторов и 44 кандидата медицинских наук), 9 удостоены звания «Заслуженный врач России», 7- "Заслуженный врач Республики Дагестан", 14 - являются "Отличниками здравоохранения".